文官系統確定上去之後，接着就是軍隊糸統。 而首先改變的，是軍隊的稱號。
由於以前商毅只是一方的割據權利，為了添加軍隊的歸屬感，保障自已對軍隊的相對控制力，因此才叫做商家軍。但如今商毅己經正式稱王，並且己經構成一個**的政權機構，說是國度，也不為過，假設還叫商家軍，依然脫離不了軍閥的滋味。
商毅決議將軍隊正式分為陸軍部和海軍部兩個編製，一致稱為中華軍，而陸軍也稱為中華虎賁軍，海軍則稱為中華伏軍。
這二個稱號也得到眾人的分歧贊同，由於中華是中國、華夏的合稱，自古可以代表中國以及漢族。因此取“中華”兩字，就意味南京zhèngfu的目的是奪取天下，並非偏安一隅。也能表現商毅己經本質是一個一方君主的理想。
虎賁在中國現代，是是守衛王宮、護衛君主的專職軍人，也可以指軍中的膽小鬼、猛將。而伏的本意就有降伏濤的意思，伏將軍則是現代對將軍個人勇武才能的一種封號，用這兩個詞分別稱呼陸軍和海軍，不只非常貼功，而且也可以充份闡明出中華軍強悍無敵的一面。
軍隊的稱號的確之後，商毅也正式下令，將中華虎賁軍按照湖北軍區的形式，在全軍內部設立軍區，做為中華虎賁軍的最高軍隊組織，在目前的權利範圍中，成立山東、中原、江西、湖廣、南京五大軍區。各軍區的最官員為軍區司令員，司令部中可設副司令員一到兩名，參謀長一到兩名，副官六到八名，警衛隊一到兩個連。
各軍區下設軍編製，每個軍的額定編製將分兩個師、兩個師、一個旅或一個師、兩個旅三種，各軍過去的番號依然保留在各軍區中，其他將加設新的番號。另外每個軍區都要編製一個騎兵師、旅和特種師、旅。
各軍區的設制是：
山東軍區司令部設在青州，由原來的第四、五軍組成，司令員周少恆，副司令員童大勇、、蔣義渠；參謀長唐鎮、鮑銅鋼。下設四個軍：總兵力十萬七千人。
第四軍：軍長滕胤，轄第二師、第十一師、第二旅。
第五軍：軍長喬克裕，轄第八師，第十師、第七旅。
第九軍：軍長馮進，轄第十四師，特種兵旅、第四旅。
第十軍：軍長章一平，轄騎兵師、第十二旅、第二十七旅。
山東是商毅最後起家的地方，在佔領浙江之後，不斷都沒有放棄，到如今己經逐漸發展成總兵力超過十萬的大部隊，由其是山東軍區的主將周少桓，不只可以領軍，而且在內政方面也做得異樣出，山東軍區己經構成一個初步可以本人自足的地區，而且雖然過去山東軍區不斷相對**存在於商家軍的系統內，但軍區幾名首領對商毅依然保持着相當高的忠實度，對商毅不斷敬服不己，在山東地區也處處模枋商毅的行事作風，因此也博得了一個“小督師”的外號。
雖然在清軍南征時，山東軍區並沒有打什麼大仗，雖然不斷次要擔任的牽制、吸引清軍力的作用，但對商毅的命令執行卻非常堅決，從來沒有報怨挑剔過。這也和周少桓的耐煩勸說、解釋分不開。而且在商家軍跨海突襲遼東的時分，山東軍區是擔突襲艦隊的橋頭堡和大前方的雙重作用，並且也差遣兵力參與了這次突襲義務，也可以說，假設沒有山東軍區的協助和配合，這次突襲作戰也無法取得成功的。
隨着如今南京zhèngfu的權利己經擴展到了中原地區，而且和山東戰區也重新打通了陸地的聯絡，在未來對清軍的作戰中，山東軍區依然是一支不可短少的力氣。
淮南軍區，司令部設在鳳陽，由原來的第一軍組成，司令員成進，副司令員趙英傑；參謀長尤洪亮。下設四個軍：總兵力九萬八千人。
第一軍：軍長蘇建林，轄第一師、第五師、第二十九旅。
第十一軍：軍長程培經，轄第七師，第二十師。
第十五軍：軍長程培經，轄第二十四師，特種兵旅、第一旅。
第十八軍：軍長黃繩武，轄騎兵師、第五旅、第十九旅。
在兩次清軍南侵的戰役中，淮南軍區都是擔任着主力部隊，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功勞，司令員成進，己經成長為一各出的指揮者，可以算是商毅手下的頭號猛將，在下一步對清廷的作戰中，淮南軍區依然是中華軍的相對主力。
江西軍區，司令部設在贛州，由原來的第二軍組成，司令員羅遠斌，副司令員王信；參謀長劉伯濤。下設三個軍：總兵力七萬二千人。
第二軍：軍長吳禮林，轄第三師、第三旅、第八旅；
第十二軍：軍長劉遠報，轄第四師、騎兵師；
第十六軍：軍長鄭廣明，轄第六師第九旅、特種兵旅
江西軍區的實踐範圍並不只僅只是江西一省，南京zhèngfu的南部地區，使南京zhèngfu在與清軍作戰時，沒有後顧之憂。而假設平定了北方之後，江西軍區也將成為防禦北方的先頭部隊。
湖廣軍區，是由湖北軍區加上駐守湖南的第三軍兼并而成，司令員李定國，副司令員楊武丞；參謀長李牟。下設四個軍：總兵力十一萬二千人。
第六軍：軍長李漢軍、轄第九師、第十八師、第十六旅；
第八軍：軍長黃慶文，轄第十師、第十五師、二十二旅；
第十三軍：軍長黃向東，轄騎兵師、十九師，二十八旅；
第十七軍：軍長李元胤，轄特種師、第六旅、第十七旅，
在新的軍區編製中，湖廣軍區的兵力最多，這是由於湖廣軍區同時於清廷、吳三桂、永曆朝三方接壤，因此面臨的場面也最複雜，不過閱歷了獨守黃州的歷練之後，李定國也顯示出了本人的名將潛質，因此商毅也非常放心的將湖北地區防守義務給他。
南京軍區也是五個軍區中最小的一個，是由從過去的湖北軍區中，分離出的第七軍為主組成，司令部就設在南京，次要的義務就是保衛南京、杭州兩地。司令員段鵬，副司令員何沖；參謀長張達江。總兵力為五萬人。下設二個軍：
第七軍：軍長田楚，轄特種師、三旅、二十一旅；
第十七軍：軍長張立東，轄二十五師、騎兵旅、三十三旅；
這樣五個軍區總計上去，中華虎賁軍的總兵力為四十五萬左右。而商毅方案，在擴大二到三個軍，使總兵力超過五十萬，另外再擴大十到十五的後備年，那麼當前對清廷和北方作戰，也就根本足夠了。
而海軍的編製就相對複雜一些，中華伏軍的司令部設在杭州，另內在山東登州、蘇州南通和台灣基隆也都設有海軍基地。司令員成鋼、副司令員黃震、以下仍是五個海軍分艦隊，一個西班牙僱傭兵艦隊，和三個長江分艦隊。
目前海軍部合計擁有各種艦船三百零七艘，主力戰艦有一百七十七艘，分別為一級戰列艦一艘，二級戰列艦六艘，三級巡洋艦四十七艘，四級稱為驅逐艦七十八艘，五級護衛艦五十五艘；輔助戰艦一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型戰艦；另外還有飛剪船十八艘。
海軍部的總兵力為五萬七千人，其中包括基地後勤人員有一萬四千，海軍戰役人員有二萬八千、水手、技術人負一萬五千。
不過各艦隊的最高長官將稱為分艦隊司令員。假設海軍有出戰義務，由多個艦隊結合組成作戰部隊，將暫時任命以結合艦隊司令官，指揮作戰。
由於跨海突襲作戰取得完美的成功，因此人們的觀念也在逐漸轉變過去，這才完全了解商毅當初堅持要大力發展海軍是多麼有先見之明，對海軍的作用也日益和重祀起來。
以目前海軍部的規模來說，保護如今的中國沿海，以及威助震懾清廷的沿海、周邊的曰本、琉球、仍致菲律賓地區也是根本足夠了，但想將南京zhèngfu的海上權利擴展到更遠的巴達維亞、澳州、甚致是印度地區，就顯得有些不足了。畢竟中國的海岸線太長了，保護起來也需求龐大的兵力和艦隊。
而且商毅也知道，清廷也己經末尾建造戰船，發展海軍，雖然說清廷的海上根底非常薄弱，不只短少相關的技術人員，就是船員、水手也嚴重不足，加上海上觀念更為落後，因此樹立一支弱小的海軍，決不是二三年就能完成的事情，但也不能不防，畢竟清廷有了海軍之後，也有能夠從海上向南京發動偷襲。
好在是收復了南京之後，江南造船廠對末尾重重消費大型戰船，因此商毅也決議，在明年把海軍部編製出第六支分艦隊來，使主力戰艦的數量達到二百艘以上，並且尋覓時機，末尾向北方陸地擴展權利。