等吳三桂、尚可喜、耿仲明三人帶軍出發當前，洪承疇也末尾着手整理南京和江淮地區的軍務。

雖然多爾袞承諾再拔給洪承疇十萬人馬，但這十萬人馬不能夠一下子湊齊，因此先期洪承疇只帶來了五萬人馬，同時也帶來了一批火器物員，這時也都陸續到達了江北、江南地區。

如今清軍集中在江淮和南京地區的兵力約為二十五六萬，並且擁有大量火器，計有各種火炮四百五十餘門，其中紅衣大炮有近百門，霹靂火炮一百二十餘門，火銃二萬二千餘桿，煫發火銃有一千五百餘支。霹靂火箭有二千餘筒，震天雷有五千餘個。雖然淸軍的火器數量只相當於商家軍的兩個師擁有的火器，但在淸廷來說，這己經是把一切的庫存火器全部都拿出來了。

俱體的兵力比例為：滿旗及三大營的軍隊，約為四萬五千餘人，另有跟役包衣約有一萬五千人。由於在多爾袞改制當前，普通的滿旗兵出戰，是不允許再帶跟役包衣，只要白甲兵、牛錄、甲喇等多數精銳，或將領級的人物才能帶一定的跟役包衣出戰。次要的將擁有固山額真四人：正白旗阿山、鑲藍旗屯齊、正黃旗譚泰、鑲黃旗尹拜圖，宗室有多羅貝勒勒克德渾、貝子尚善、滿達海。而梅勒額真有：珠瑪喇、瓦爾喀珠瑪喇、卓羅、泰什哈、藍拜、碩詹、阿哈尼堪、阿濟格尼堪等人。

漢旗及綠營軍隊約有八萬餘人，次要的將擁有固山額真有：鑲白旗佟圖賴、鑲紅旗石廷柱、鑲黃旗劉之源、正紅旗金礪。梅勒額真有：馬光芒、海爾圖、李思忠、士彥等，其他漢軍將擁有沈志祥、吳朝佐、金光裕、夏成德、劉武元、佟岱等人。

蒙古旗的軍隊有兩萬五千餘人，次要的將擁有：固山額真馬喇希、吳喇禪、革霸庫、富喇克塔等人。

在淸軍南征之後，招降的明軍約有十餘萬人，次要的漢將有劉良佐、劉澤清、左夢庚、土國寶、劉進忠、金聲桓、王得仁、盧光祖、田雄、徐勇、郝效忠等人。不過其中有不少人都是洪承疇的舊部。

而洪承疇整軍的重點當然是南征之後收降的明軍。由於滿漢旗軍、綠營的編製己經比較完善了，用不着洪承疇來重新編整，而且這裡的關糸也錯綜複雜，洪承疇也不情願去趟這灘混水。收降的明軍不只人數眾多，而且來源也非常複雜，而且各將手下的兵力也不相等，有多有少，不過洪承疇下令將其全部打亂，然後重新分組整編。

洪承疇將降軍一共為八鎮，四大四小，以劉良佐、劉澤清、左夢庚、金聲桓四人為大鎮，每鎮擁兵一萬五千人，土國寶、劉進忠、王得仁、郝效忠四人為小鎮、每鎮一萬人。這樣一樣各將的兵力都拉平了，不會有特別突出的。

在兵力的分布安排，洪承疇在江北布置了十萬人馬，甴貝子滿達海坐鎮歸德府，片面指揮江北的軍務，另外還有阿山、譚泰、佟圖賴、石廷柱滿漢各兩名固山；而在南京一帶布置十二萬左右的兵力，由多鐸在南京坐鎮，手下有屯齊、尹拜圖、劉之源、金礪。以及蒙古各旗等人。其他的人馬都作為機動兵力。

同時又命山東的阿巴泰，差遣一部份人馬駐守兗州，牽制商家軍在魯南的兵力，減輕本人在江淮一線的壓力。

而在武功方面，洪承疇委任申朝紀出任河南巡撫，吳景道任河南布政使；張文衡為淮安府知府，兼授淮安道；金之俊為鳳陽府知府，兼任淮安巡撫；馬之先為武畕府知府，兼任湖廣巡撫，劉清泰任湖北布政使；秦世禎為江南巡按，佟岱為江南布政使，付責管理各地的民政事務，安撫民眾，蠲免錢糧、恢復消費。並且下令各地駐軍均不得擾民。

同時洪承疇又向湖南、江西、安徽各省發檄停止彈壓，只需是向清軍投誠，原官、司均可留任，並不懷舊故。並且又嚴令耿仲明、尚可喜等人，凡事自動向清軍歸降的各州府縣，均不得侵撓虜掠，當以安撫為主。

不過對商家軍的措秩則是實行片面封鎖，洪承疇要求，在浙江、江北、山東地區，完全封鎖住單方的邊境線，相對制止有人經過邊境，和商家軍聯糸，也嚴禁商販前往商家軍的地區經商。一經發現，必然嚴懲。

由於洪承疇了解到，如今商毅的次要財政來源是依託海外的貿易支出，僅靠浙江一省的消費，根本就支持不了商家軍的戰事開支。但停止海外貿易，需求靠內陸提供大量的商品，才能為海外貿易保障充足的貨源。雖然如今浙江可以自行消費大量的生絲和絲綢，但其他商品也都需求從內陸購進，為了吸引商人，浙江地區己經將商品的收賣價錢提高了三倍。

為了追求大的利潤，在商家軍和清軍對持的時分，乃然有許多商人冒險將各種商品，穿過清軍佔領地區，運到浙江來販買。當然在經過清軍防區的時後，商人都會向他們進奉大量的錢財停止賄賂。而這一筆錢自然也都落入了公家的腰包中，因此各地駐守的清軍對此也是睜一眼閉一眼，畢竟和錢過不去的人還是多數。而且商家軍安插在南京、江淮的情報人員，也次要是經過這些途徑，把情報音訊傳入到浙江。

洪承疇對這種現像當然非常清楚，因此才下令必須片面斷絕，徹底浙江的商品供應，雖然在短期內效果不會太分明，但工夫長了，雖然不能從經濟完全拖跨商毅，但也可以使浙江的支出大減，從而大大削弱商毅的力氣。同時也可以加大商家軍的情報傳遞的困難。

對洪承疇這樣的安排布置，多鐸也全力的支持，並且派本人的親衛隊組成監查隊，在各條防線停止巡查。

而在湖北地區，不過洪承疇到並沒有急於向商家軍的湖北根據地發動防禦，由於軍隊重新編組，調整都需工夫。只是首先命令貝子尚善領軍駐守黃州，為下一步征剿湖北的商家軍做預備。而且封鎖得也更為嚴密，在單方的邊境線附近，一屢不許駐留人口，房屋修建田園一屢拆毀。凡是敢和商家軍有來住的人員，一屢格殺無。要將商家軍在湖北的根據地徹底孤立起來。

由於洪承疇知道，商家軍在湖北的根據地還不能達到自給自足，需求浙江的援助，而浙江對湖北根據地的援助，次要是依託長江水道，因此想要防禦湖北的商家軍，首先就要阻止商家軍從長江的援助。因此洪承疇也末尾着手整理淸軍的水軍。

自從清軍在龍山水戰得勝之後，淸軍也重建了自已的水軍，前前後後又徵集到四五百艘大小船隻，不過清軍的水軍次要還是擔任運輸大隊人馬，以及物資渡江，而不是和商家軍爭奪長江的控制權。而且清軍如今也知道商家軍水軍的兇猛，除了一次吳三桂冒險從儀真渡江之外，清軍根本就不敢在南京境內以下的江段活動，由其是這時商家軍佔領了江北的滁州、和州一線，因此清軍渡江的地點都設在池州府的銅陵一帶。以避開商家軍的水軍防禦。

這樣一來，從江淮傳遞到南京，都必須繞一個彎路。好在是目前江南的軍需次要都是由湖廣和本地供應，因此對清軍的後勤供應影響不大。

洪承疇是福建泉州人，雖然在明朝的大部工夫都是在東南、東北剿匪，但對航海、艦船也並不算生疏。而且如今洪承疇也知道，商家軍在海取得的戰績，可以說商家軍的海軍實力，足以和鄭芝龍一較下了。而如今商家軍在長江佔有相對的優勢，在短期內，清軍是無法樹立出一支可以和商家軍相抗衡的水軍來。好在是清軍的目地並不是要擊敗商家軍的水軍，只是阻止搔擾商家軍從長江援助湖北戰區就行了。

這一點在目前來說，洪承疇置信淸軍還是做得到的。而且商家軍的船隊雖然弱小，但次要是海船，可以在長江中飛行的戰船並不多，海船和江船的區別，洪承疇當然是清楚的。因此在長江里，清軍的船隻相對數量要出商家軍多，同時還佔有游之利，這一點有長江中水戰，是非常有利的。龍山水戰之敗，大部緣由是清軍不熟習水戰，而且戰術不對的緣故。

於是洪承疇也下令，將清軍一切的船隻按大小停止重新編組，並且依然將龍山船廠做為水軍的前線基地。不過洪承疇也不敢大意，只是在龍山船廠里駐守三百多艘船隻，其他的船隻依然停靠在池州一帶。同時達持續在長江沿岸徵集各種船隻，並且命令各造船廠也都持續為清軍消費新船。

然後洪承疇又在湖廣、江淮等地招籌漁民充任水手，並從漢軍中選拔知曉水性，並且會操舟的兵士編成水軍停止訓練，製造水戰的武器，積極的備戰。

不過就在清軍正在積極預備的時分，商家軍卻次要出擊，分從水旱兩路，向南京發動了防禦。 @ws