在威廉下令實施土地清查令，編撰《末日審判書》的時候，卻有一夥人強烈抵制了威廉下達的清查土地和資產的命令。

英格蘭教會宣佈他們的君主是羅馬的教皇克雷芒二世，而不是他們在加冕儀式上宣誓效忠的威廉，聲稱威廉無權對教會發號施令。

威廉和英格蘭教會的矛盾由來已久，蓋因他一直試圖將英格蘭教會納入自己的掌控之中，而英格蘭教會卻非常抗拒威廉的控制。

威廉手中把持著主教的敘任權，也就是指定主教繼任者的權力更是令他們如鯁在喉。

主教敘任權是指授予主教和修道院長以封地和職權的權力。通常以兩種物品作為象徵：權戒象徵宗教權，權標象徵世俗權。

在神聖羅馬帝國，11世紀中葉以前，主教由皇帝任命，皇帝授予主教權戒和權標，主教向皇帝效忠並提供賦稅和服役。

11世紀中葉以後，教會勢力增強，教皇格列高利七世要求教會擺脫世俗權力的控制，力主主教和修道院長應由教皇任命，從而與神聖羅馬帝國皇帝亨利四世之間爆發爭奪主教敘任權的鬥爭。

由於英格蘭遠離羅馬教廷，教皇對英格蘭教會的控制力非常薄弱，再加上英格蘭的王權強盛，且威廉又是個強勢的君主，因此英格蘭教會一支都把持在威廉的手中，他們向國王宣誓效忠並提供賦稅和服役。

但威廉的清查行動無疑動了主教們的奶酪，如果說在威廉清查之前，主教們每人只需提供寥寥一百多英鎊和一兩百名民兵的話，那麼在土地清查完畢之後，助教們需要提供的賦稅和士兵甚至要翻三倍以上。

這次英格蘭教會抗拒威廉的清查行為，就是他們聯合起來對威廉的一次反擊。

要說英格蘭的主教們沒有受到羅馬教廷和教皇克雷芒二世的支持，威廉是絕對不相信的，沒有教皇的支持，他們不可能有勇氣反抗他和諾曼人。

威廉將教會的反擊視為一種對他權威的挑釁行為，於是他向各總鐸區、堂區和修道院的主教們下達命令，要求他們前來溫切斯特覲見，接受威廉對他們違背自己效忠誓言的懲罰。

另一方面，威廉也做好了使用武力的準備，若是他們再次抗拒他的命令，他就會率領他麾下的軍團攻打主教們的領地。

在英格蘭王國，當地主教們擁有大量的領地，不但擁有伍斯特郡和達勒姆郡作為總鐸區，在每個郡中都擁有大片領地，這些主教們擁有的領地加起來甚至達到了威廉王室直領的一半。

威廉對領地有一種極度渴求的**，對英格蘭教會佔有的大量土地垂涎已久，同時威廉又是一個控制**極為強大的君主，他不能容許他的領地中有任何不受他控制的不穩定因素。

在他看來，英格蘭教會就是最大不穩定因素，他們不受威廉的控制，隨時可能獲得教皇和羅馬教廷的幫助對抗他們的君主，這不就相當於21世紀的分裂勢力和外國干涉嗎，這種受到外國支持的分裂勢力即便在天朝也是不能容忍的。

中世紀時期，西歐世俗政權與教會是並存的兩大政治力量，二者時而勾結、合作，時而衝突。

封建制度確立之初，教會依附並支持世俗政權，10世紀開始，教會的實力不斷增強，借政治混亂的有利時機，教皇開始與世俗君主展開了爭奪西歐最高統治權的鬥爭。