文官從九品開始，州、縣分上、中、下縣，下縣主簿從九品，中上縣主簿正九品，下縣丞正九品，中上縣丞從八品，下縣知縣從八品，中上縣知縣正八品。京兆、順天、承天、應天、奉天四府下轄的縣為直隸縣，縣主簿為從八品，縣丞為正八品，知縣為從七品。

下州知州正七品，州別駕從七品，州通判從八品，中知州從六品，州別駕從七品，州通判正八品。上州知州正六品，州別駕正七品，州通判從七品。要州（即位置要害、人口眾多、十分富庶的州，如徐州、蘇州、揚州、杭州、益州、汴州、洛州、楚州、青州、晉州、荊州、廣州、福州等二十五州），知州正五品，一般加銜。州別駕正六品，州通判正七品。

京兆、順天、承天、應天、奉天五府尹，皆為正三品，皆由內閣閣老或親王、郡王遙領，無實權。一般遙領京兆府尹的親王，就可默認為太子。實際管事的為五府知府，正四品，同知、通判正五品和正六品。一般稱為京府、遼陽府、開封府、金陵府、西安府。

行省有布政司主理民政，稱巡撫，正四品，有按察司主理司法審判，稱巡按，從四品，有指揮司主理地方兵馬，稱總兵，從四品。還有負責提學的學政，正五品到正四品不等，還有負責錢糧稅賦的轉運司，人稱藩台或糧台，轉運司主官參議，正五品或從四品。

還有屬於都察院，分駐和分巡地方的巡道御史，負責肅政糾劾，一般都是八品到七品。

中央分三省六部九署。中書省負責決策，中央政令，包括皇帝詔書，都以中書省名義，或者中書省擬定恩准後發布。主官中書令，正二品，因本朝太祖未登基前以中書令執政，故避諱不設，以中書侍郎為中書省主官，從二品。

副職中書省左右丞，正三品，分領二十四廳，對應各部和各行省，廳主官主事，也稱中書主事或中書郎中，正五品，副職僉事，也叫中書僉事，從五品。還有中書舍人兩到三人，直屬中書侍郎，正六品，負責擬定中書省的制令。因為大秦朝中央政令都由中書省出，中書舍人即負責大秦朝的中央政令的擬定，稱為外製事。

尚書省負責執行，由尚書僕射為主官，從二品，下分六部，部下再分各司。各部尚書，正三品，左右侍郎，正四品，各司主官郎中，正五品，副職員外郎，從五品，各司以下有科，主官主事，正六品，副職僉事，從六品。因為五軍都督府，兵部職權嚴重削弱，只負責地方警戒、治安等其它事務。

門下省負責監督，所有中書省頌布的中央政令，包括皇帝詔書，必須有門下省副署，主官門下侍郎，從二品，副職左右丞，也叫左右散騎常侍，正三品，分領都察院，也叫御史台。門下左右丞兼領左右都御史，一負責監察殿中、尚書各部等中央機構和京兆府，另一負責地方監察彈劾。門下省還有門下給事中兩到三人，直屬門下侍郎，正六品，負責監督中書舍人的擬制，副署。再下是左右副都御史，正四品。

九署：大理寺，負責對刑部審判案件的審理複核，尤其是死刑，擁有最高複核權，主官大理寺正卿，副職左右少卿。

度支司，負責對天下錢糧和賦稅（戶部），各行省、各機構支出進行複核審計，正卿，左右少卿；

鴻臚寺，負責招待來朝的各外國使團，以及出使各國。正卿、左右少卿；

通政司，主官通政使，左右副使；

國子監，主官國子監祭酒，副職左右司業；

都察院，主官為左右都御史，分殿中御史，負責朝堂風紀糾察；監察御史，分二十五道，分別監察各行省和各部各署。

樞密院，負責情報和軍事協調。主官樞密使，副職，樞密同知。

市舶司，負責海外船舶出入以及賦稅徵收。

翰林院，比較特殊和重要的部門，職能有三，一是給皇帝、內閣提供諮詢，二是給皇帝、宗室、各文武大臣講課；三是管理下屬的國史館（修史）、弘文館（也叫庶吉館，庶吉士們學習實習的地方）、詹事府（負責王子公主們的教育）、殿中司（知制誥-負責幫皇帝擬定詔書，承旨，負責傳旨；起居舍人，負責記錄皇帝起居）、成均館（掌成均之法，以治建國之學政，國家最高學術機構，包括律令、算學，負責講課的部門），以及集賢館、文淵閣等館閣。

各主官或正四品，或從四品，官職與尚書省各部侍郎並行。其中市舶司、鴻臚寺、通政司、國子監、大理寺、翰林院、度支司名義上屬中書省，但實際管轄權歸政事堂，樞密院直屬軍機班，都察院直屬門下省。

翰林院和樞密院都比較特殊。

中書侍郎、門下侍郎、尚書僕射分領保和殿、中和殿、文淵閣大學士，中書侍郎加平章政事銜，為宰事，門下侍郎、尚書僕射加參知政事銜，為執事，組成政事堂。中書左右丞、門下左右丞、吏部尚書、禮部尚書、戶部尚書七人領昭文閣學士，加兼知政事銜，為參事，與宰事、執事組成內閣。中書舍人、門下給事中則以參掌機密的名義，均可參與到政事堂和內閣的所有決議中，但沒有表決權。

所有政事以宰事、執事決議於政事堂，或宰事、執事、參事決議於內閣，呈交皇帝批覆，然後中書舍人擬定、門下給事中副署，以“三省同奉聖旨”名義頌布，決議的具體細則有規定。也有皇帝直接下的詔書，叫中旨，但必須由知制詔擬定、知承旨遞到三省備案，否則也是不合法的。

真正負責翰林院事務的是掛着掌院學士頭銜的都知院事。

翰林院下屬殿中司、詹事府，國史館、成均館、集賢館、文淵閣。

保和殿、中和殿、文淵閣、昭文閣大學士、學士是專給內閣要員們掛職用的。大學士，學士，只是一種稱呼頭銜，無品級。

殿中司，翰林院最核心的兩個部門之一。裡面的知制誥負責皇帝詔書赦令的擬定，知承旨負責把詔書傳遞到中書省，由其會同門下省公布，知制誥和知承旨為從五品。一般知制誥和承旨的職位也會同時授予某人身上，也稱都知制誥承旨，正五品。皆稱為內製事。

成均館是另一個核心部門，它主要皇帝和內閣做諮詢，也負責給皇帝、宗室、大臣們講課，所以成均館學士一般也叫侍講/侍讀學士。

大秦朝沿襲前周習慣，非侍講/侍讀學士不得擬定製令。即中書舍人、知制誥承旨必須是成均館學士。而要想進成均館，必須是庶吉士出身。而為中書侍郎、門下侍郎或尚書僕射等宰輔閣相者，必須有當過中書舍人或知制誥承旨的經歷。所以才有非庶吉士不得為相的說法。

國史館，顧名思義，就是修前朝國史，而加國史館學士，只是一種榮職，並不真正來修史。集賢館，則是給一些學術拔尖、或精通雜學的文官特殊的榮譽職位。